परिषद सचिवालय की स्थापना वर्ष 1995 में परिषद की सभी महत्वपूर्ण बैठकों, जोनल अधिकारियों और एचओडी की बैठकों के समन्वय के लिए की गई थी। परिषद सचिवालय एनडीएमसी के विभिन्न विभागों से निर्धारित प्रारूप में एजेंडा आइटम एकत्र करता है, उसके बाद एजेंडा के कार्यों की सूची परिषद के समक्ष रखी जाती है।

परिषद की कम से कम एक बैठक आमतौर पर एनडीएमसी अधिनियम की धारा 21 के तहत हर महीने आयोजित की जाती है। परिषद सचिवालय विभाग हर माह परिषद की बैठक की तिथि अधिसूचित करता है। परिषद सचिवालय एजेंडा तैयार करता है और जारी करता है, बैठक का मसौदा तैयार करता है और उसके अनुमोदन के बाद, इसे परिषद के सदस्यों को प्रसारित करता है। परिषद की अगली बैठक में पिछले मिनटों की पुष्टि होने के बाद, सभी संबंधित विभागाध्यक्षों को आगे की आवश्यक कार्रवाई करने के लिए प्रस्तावों को परिचालित किया जाता है। कार्यवृत्त की एक प्रति एनडीएमसी अधिनियम, 1994 की धारा 31 के तहत उपराज्यपाल/प्रशासक के सचिव को भी भेजी जाती है।